折腾了整整一个季度，迈可尔再次展开他的“铁窗之旅”。与狐狸河监狱不同，巴拿马的索纳简直可以称得上是炼狱。穷凶恶极的罪犯们长期生活在一个完全没有警卫管辖的地方，“适者生存”绝对是索纳监狱的求生准则。马洪，巴里克，迈可尔同时被丢进索纳。失去了白色小药丸的马洪变成了无助的井底之蛙；狂嚣的巴里克此时沦为了罪犯们的玩物，连一向从容镇定的迈可尔眼里也透露着一丝恐惧。风水轮流转，此番轮到大蛮牛林肯隔着铁丝网与被囚禁的弟弟说话了。
《越狱》第三季增加了4名新角色，两男两女均不是美国人，索纳大哥大路赛罗及其女友索菲亚，巴拿马渔夫惠斯勒，还有疑似幕后黑手“将军”手下的美女苏珊。而在第二季末与林肯，迈可尔失散的莎拉已经确定不会加